分别召各自的召唤兽，大蛇败在力量型的纲手之下。大蛇见势不对，与兜一同离去。三忍之战告终，纲手姬终为鸣人所动，决定返归木叶担任火影，又约定把项送给鸣人。纲手把一切的寄望，都托付在鸣人上……

佐助营救篇

经过前次的任务，佐助自己的力量还不及鸣人，而心生嫉妒，追求更大的力量，以向兄长宇智波鼬报仇。此时来自大蛇所成立的音隐村、卓号『音隐四人众』的四名忍者，劝诱佐助投诚音隐村，佐助亦为所动而准备叛离木叶。临行前佐助亦把前来劝告的小樱击。木叶虽收到佐助叛离的情报，但因之前受到砂忍及音忍的攻击，百废待兴，故未能派多馀人力前往追捕。而鸣人知后亦惊愕，决定要追回佐助，并寻找村中可信赖的伙伴参与任务。最终由中忍奈良鹿，下忍漩涡鸣人、日向宁次、秋丁次及犬冢牙所构成的队伍执行任务。发前，鸣人誓神擘愿向小樱承诺，一定会把她所喜的佐助带回木叶。然而，途中遇上『音隐四人众』分别的阻挠，而伙伴们亦豁自己的命让鸣人追上佐助。但却又突然杀了拥有血继限界的敌君麻吕，超原先计划之外。鸣人试图制造千个影分以击败君麻吕，但对方丝毫无损;幸得受伤后初愈的李洛克及时相助，可继续追赶佐助的步伐。

最终却讽刺地，在初代火影与宇智波斑决斗的终极之谷遇上。鸣人追问佐助为什不珍惜彼此之间的友谊;而佐助的回应却指友情虽重要，但不能够让他变，他所需要的是更大的力量。鸣人无可奈何下唯有使用手段迫佐助回归。佐助开启化了的写，与使用九尾力量的鸣人对战。最终由第二重咒印、使用千鸟之术的佐助，击败使用九尾力量及螺旋的鸣人。大局已定，鸣人已无法继续追踪佐助，这亦将成为鸣人心中长久的一个遗憾……倒在地上昏过去的他，被大雨洒遍全;直到卡卡西的到来，才把鸣人带回木叶接受治疗。此事之后，鸣人决心修练自己，跟随自来也在外修行……

第二

风影营救篇

跟随自来也在外训练二年后，鸣人回归木叶。此时的他在格及心智已较二年前成熟。当得悉一众友人已成为上忍或中忍，而我罗更是成为风影时，鸣人并不气馁，反而被激励起来。后来来自『晓』的两名不速之客夜袭砂隐村，我罗因为要顾及砂忍村的居民而被迪达拉用计击败，勘九郎救弟亦中剧毒，砂隐村陷混当中。得悉我罗被抓，同样作为人力的他决心要前往拯救，正因鸣人非常了解我罗孤独的痛苦。从前他亦尝试过孤单的滋味，但现在已经有了自己的伙伴；相反我罗虽为风影，依然受尽村人的偏见与冷落。他非要把我罗从孤单及危机中拯救来不可!鸣人的决心，还打动了砂隐村内已退隐的元老－千代婆婆的心，决意复，协助鸣人救回我罗。后到达『晓』聚会的地，但为时已晚，我罗已被尾兽力量而死亡。鸣人夺回我罗的躯，因而被曾袭击砂隐村的其中一名『晓』成员－迪达拉所挑衅。卡卡西不安心，故随鸣人同去，并劝鸣人要冷静下来，从详计议。鸣人合卡卡西，由卡卡西使万筒写击伤迪达拉，再由鸣人击落迪达拉所乘的鸟，取回我罗的躯。后来证实我罗己死，鸣人激动的变化成妖狐，攻击迪达拉。卡卡西见状，立刻用自来也所说的方法把鸣人制住。迪达拉被木叶的第三班及第七班围攻，迫虎墙下使自爆方式，似要同归与尽，幸被卡卡西转移到另一空间……战斗结束，草原上躺著我罗的尸首，鸣人所表现的真友情，动了千代婆婆，甘心牺牲自己的命令我罗复活。我罗回归，砂隐村的民众夹迎，我罗第一次到被其他人肯定的滋味。故鸣人们准备回归时，我罗心存激;双方的握手，代表著永恒的友谊……

天地桥之战

从『晓』的蝎中得知其将与派往大蛇边的卧底会面，认为是寻找佐助消息的好时机;在五代目批准下，准备往会面地──天地桥发。由於卡卡西在与迪达拉一战中虚耗过多，无法同行，于是由原暗成员、化名大和的天藏担任新队长，率鸣人、樱及新成员佐井前往目的地。虽然鸣人及樱对佐井的假意笑容及不择言，没甚好，但同意为了佐助，即使要与不喜的人合作也心甘情愿。到达天地桥后，大和伪装成蝎，接蝎的卧底，而鸣人们躲在岩后静待指示。令一行人惊讶的是，原来这名卧底就是药师兜。及后大蛇亦现，大和的伪装份亦被揭穿，双方战起来。鸣人受到挑衅，化成四尾妖狐，失去意志，还把小樱伤。大蛇与鸣人间爆发激战，被兜称为『怪间的战斗』。后大蛇因三年限期已到，不能承受，不敢恋战而去;鸣人亦被大和控尾兽的力量所压制，变回人类的状态。清醒过后，得悉是自己伤害了樱而悔疚，但同意大和所说，要不断锻自己本的力量去保护边重要的人。