他们。此时大和的木分已查大蛇巢的所在地，鸣人们便决定虎。他们先找到佐井，并将其困绑起来；佐井问鸣人为什执著於要拯救佐助，鸣人却说这是因为他与佐助之间，有著兄弟般的『羁绊』。佐井为其所动，想亲看看『羁绊』的意义，终弃暗投明，并反过来合力把刚到的药师兜制服。鸣人与佐井冰释前嫌，组队在大蛇巢内寻找佐助的下落。不料却又遇上大蛇，于是鸣人让佐井先往寻佐助，自己则应付大蛇。及后樱及大和前来助阵，大蛇又再遁去无踪。鸣人们从佐井临走时遗下的秘策中，赫然发现原来佐井此行目的，是要暗杀佐助，不禁又忧心起来。突然一声响，引起鸣人们的注意，并急步赶往现场，只见佐井正呆站著。忽又传来一把熟悉的声音，只见爆炸后地面上站著一个人，正是佐助!!重遇佐助，鸣人首先是表现兴奋，但佐助冷漠的态度及手的捷却乎意料之外。佐助称要把鸣人杀掉，以斩断彼此间的『羁绊』;又刚才佐井说要替鸣人带他回木叶之事。奇妙的是，大蛇及兜此度又再现，竟阻止佐助杀鸣人他们，目的是要留下能铲除『晓』的力量。佐助不再执著，跟著大蛇离去……救回佐助的目标再度失败，但却得到了真心的伙伴佐井……

飞段、角都篇

鸣人重新投训练，并得到卡卡西及大和的指。鸣人得知自己的能力属于『风』属，为加快训练效果，他以多重影分术行修行，并前往同有『风』属的猿飞阿斯玛寻求指。后阿斯玛对上『晓』的飞段、角都，战败阵亡，第十班意报仇，卡卡西暂时把修行之事给大和理、而自己负责照顾第十班。后卡卡西所率的第十班与飞段、角都陷苦战，幸亏大和及时率领鸣人、佐井、樱三人赶到，加战团，鸣人更与大和一起使风混合术『飓风涡之术』，抵消角都的风火混合攻击。鸣人以新术风遁螺旋手里剑攻击角都，但第一次失败了。卡卡西认为应对角都行围攻方妥当，但凭著鸣人要超越四代火影的决心，卡卡西让鸣人作第二次攻击。鸣人亦不负所托，以影分成功欺骗角都，并从其背后施以风遁螺旋手里剑，给予绝命一击－－角都全经络被击得粉碎,倒在地上。鹿亦把飞段击败后，众人又回到木叶忍村……

宇智波佐助追捕篇

为了得知晓的情报，及追寻佐助的下落，木叶决定锁定以宇智波鼬为目标的追捕计划，而鸣人的大和班和卡卡西新领的第八班一起联手行动。途中鸣人的影分曾一度遇上宇智波鼬，鼬当时亦有话希望跟鸣人说，可惜却因为鸣人的冲动打断了话题。但鼬临走前却赋予了鸣人神秘的力量，并说在必要时才用此力量等等。后众人对上了『晓』的宇智波班，鸣人的螺旋、志乃的虫玉及牙的通牙之术均对其无效；就在此时，『晓』的绝前来汇报佐助与鼬的战果，佐助的胜利及战后受重创使鸣人惊愕及担心，并曾指骂绝是『芦荟』、要他说佐助在那里。收到情报的班不再恋战，及绝一起前往战场把鼬的尸及佐助带走。鸣人们急步追赶，虽找战场位置，但早已人去楼空了……

本篇

再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的恶噩。为此曾一度悲伤的他，因为伊鲁卡老师和鹿的鼓励，而再度重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号；可惜的是仍然没有绪。为了替自来也报仇，他决定接受作大人的提议，前往自来也曾修行的妙木山，作艰苦的『仙术』训练。训练期间，鸣人险变青蛙，幸得作大人用术阻止，不过鸣人却整是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故作大人建议转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作──『百忍传』。