传布福音，而现在，已经到了发的时候。其后12年里，这一传教工作占去了他的大分时间。开始时，人们对于传教工作的观分为两派：一派认为应谨慎从事，一派认为这完全可行。前者认为后者的观太浪漫，本不可行，这当然是可以原谅的。

于个人安全考虑，瑟尔威的朋友们反对他的传教计划。他用一句格言回答他们：“商人生意到哪里，使徒就应该拯救灵魂到哪里。”他向他的父亲写：“到达勇敢的，是一个使徒的责任，除非前有明知的确定的危险。在这些岛上，如果要达到什么目的，就必须得冒一定的危险。”

危险，毫无疑问是大的，特别是他不允许在他的小船上现任何类的枪支。一次，在新赫瑞德的玛利科罗，显然只有“他的完的神和贵的耐力（借用埃斯丁的术语）把他和他的伙伴从几年前在埃诺曼伽曾经降临到威廉姆上，以及几年后在卢卡普曾经降临到帕特森上的厄运中拯救了来。”

有人劝他说，外传教将会使他极大地忽视现在的主教教区，而他“已经把太多的铁放到了火里”。他则反对说，他能够对整个拉尼西亚地区加以个人视察和监护，这不仅不会受到伤害，而且会给自己在新西兰的工作带来最大可能的好。他的心已经飞到了那些遥远的岛屿上，用一兄弟之向那些生活在黑暗中的居民发大声呼唤。他似乎觉得，来自上帝的旨意正指引他成为一个如此定的手，是上帝“把他的路刻在浪尖，把他的家刻在浪底”。

约翰·帕特森这时站来帮助瑟尔威主教。这又是一个贵而无私的人。在选择传教事业或安心在家并获得荣升这二者中，他选择了前者。他于1855年来到新西兰，被任命为使自从库克船长发现澳洲以来就很少有人去过的一大群岛屿的使徒。这些其上居住着许多以“人生番”著称的土著的岛屿，构成了澳大利亚东北沿岸海湾的三分之一，由新赫瑞德岛、恩克岛、所罗门小岛和萨塔库兹群岛组成。岛上居民被称为“拉尼西亚人”或“黑岛民”，因为有许多黑人混居其中。

帕特森在新西兰待了一段时间之后——在这期间，他学会了土著的语言及纵使徒的纵帆船“横渡南海者”号的航海术——在主教的陪同下，启程前往诺福克岛，然后肩负着苏格兰长老会的使命到了埃伊特姆。他们沿途经过了威廉姆先生被杀的埃诺曼伽岛——这是一座森林密布的岛屿，其景之非笔墨所能形容。然后，他们前往萨亚诸教士被杀的法特岛，经过了埃斯比利特·萨托的辉煌岛屿——其上有一条达4000英尺的山脉。船只接着到达瑞玛尔岛。登陆时，主教和他的同事不得不游泳上岸。他们与当地的利人成了朋友并从岛上带走了许多男孩儿。这些男孩被送往新西兰的圣约翰学院，作为教士来培养。

船只抵达所罗门群岛上的玛拉岛。在这里，他们发现当地人虽然讲利语，但以前的手显然教给了他们英语知识中最不齿于人的分。萨塔库兹群岛是下一个被他们看到的群岛。当地土著摇着自己满载着山药和芋的小舟迎他们。可是这些岛上的人太多，以至于任何安静的工作都没法成。他们整个沿岛航行了一周，看到了大火山那炽的外表。他们继续前往卢卡普——今天，那里充满了忧郁的怀念，因为帕特森主教就是在此地遇难的。土著们用小舟载来小麦和可可豆为他们送行。一长串的航行——图布阿、法尼科拉，以及恩克诸岛屿——之后，“横渡南海者”号回到了新西兰。

当然，新西兰同样是他传教工作的场所。他在给家里的信中写：“别总以为岛民是残忍的。当你激起他的怒火之时，他们确实一些可怕的事，而且也几乎都是人者——往往在一次战斗之后举行的庆功宴上，他们才如此，否则就不是。但如果你友善而谨慎地对待他们，我相信，访问他们是没有任何危险的——访问的方法是：第一次仅仅在港着陆；第二次也许可以到一个土著村里去；第三次在海岸边睡；第四次在岛上待十来天，如此类推。”他描述了自己教化土著的基本方法。他持认为上帝是照自己的形象创造了人类。在悉尼的一次布会上，他说：“，这源自人心中的，必须传递给他的兄弟……是使一切事焕发活力的原则。在每一片星空下，在海浪闪烁的光影里，在田野里每一朵鲜中，在上帝的每一件造里，特别是在每一个活着的人的灵魂中，都存在一崇拜和祝福：为万伟大的创造者和保护者，他那沉的和。”

“我亲的父亲，”他说，“曾经以沉的忧虑写下了丁尼生事件。噢，亲的！该怎么激你！是你，把我们从论战的喧嚣中解放来；是你，让我们发现了世上有如此千千万万的人，渴望得到从这些狂的争论中暴抖落来的琐碎。无论级的或低级的或广大的教会，也不是任何别的名称，而是忘掉一切差别、回归事原初状态的急切愿望，在那些野蛮人民看来才是自然的。”

帕特森怀着好的希望和无畏的神，继续访问拉尼西亚群岛。他知男人和女人的区别。当女人现时，他知自己是安全的。不过，他用信任获得了所有人的保护。他前往胡图玛，踏着及膝盖的海爬上了该岛的海滩。然后他去了埃诺曼伽，接着去了法特，这里居住着据说是那些海域中最野蛮的人。他们都是人生番，曾经杀害了搁浅在该岛的“皇君”号的全乘员。他们当场吞了其中的9个人，然后把其余的9个人送给他们的朋友吃。