随后，公意便发生了大的改变，并突然一发不可收拾，宛如随风倒的风向标。萨沃那洛拉在佛罗萨城曾工作了8年。他曾提醒人们忏悔，和睦相；也曾提醒人们为自由而战，摒弃挥霍、赌搏及所有不良行为。至于他自己，他曾经敦促人们在上帝的帮助下，立即开始对教会的普遍改革。他过去是佛罗萨最受迎的人，可现在却成了最不受迎的人，突然转向了，萨沃那洛拉的追随者或者失踪，或者隐藏起来，因为现在整个佛罗萨似乎都是他的敌人。

方济各会的修士们挑战似的要求他接受火刑——中世纪的一不可思议的刑罚。尽忠诚于萨沃那洛拉的兄弟多米尼科愿意接受火刑，但是他却决反对。尽其他人也表示愿意和他一起去就火刑，但萨沃那洛拉却看了这一考验背后的厉内荏和愚不可及，因此，他拒绝接受火刑。不接受火刑的后果很快就现了。执意要将修院付之一炬的“康帕格那西”率领一群暴徒围攻了圣·克修院，萨沃那洛拉的一些拥有武装的朋友也在那儿，双方剑弩张、互不让步。但萨沃那洛拉对他们说：“让我去吧，因为这场风暴乃因我而起；就让我向敌人自首吧。”但朋友们决不许他向敌人自首。

于是，“执政团”派了一支军队来到广场。持权杖者（即军官）命令修院里的每个人都放下武，并宣布将萨沃那洛拉放，要求他在12小时之内离开佛罗萨人的领土。修院里武装人员继续保护修院，在冲突中，双方都有许多人阵亡。萨沃那洛拉继续祷告。最后，鉴于里外人员伤亡惨重，他要求他的兄弟、朋友们放弃抵抗，并随他修院后面的藏书室。

在藏书室大厅中央，米西罗兹简朴的拱室下面，他布置好圣餐，召集了周围的兄弟，并向他们了最后的演讲，他的话语令人难以忘怀：“我的兄弟们，在上帝面前，在圣饼面前，在我的敌人业已冲修院的情形下，现在，我更信我的教义。我说的一切都来自上帝，上帝在天堂里可以证明我说的一切都是事实。我绝没有料到全城会如此之快地反对我，但上帝将会证明我的正确。这就是我对你们的最后规劝。让诚信、忍耐和祈祷成为你们的武吧！离开你们却由我的敌人置，我痛苦。我不知他们是否会要我的命，但我相信这一，即，作为一个死者，在天堂里为你们的事情将比我作为一个活在尘世上的人所的力所能及的事情要多。振作起来！接受苦难吧！这样你们将会得到上苍的救助。”

军队冲来了，萨沃那洛拉被俘，他被反剪着双手押解到执政团面前。当时群情激愤，很难阻止人们要杀他。他的两个兄弟执意要和他共生死。到达执政团面前后，他们3个人被分别羁押在各自的牢房。萨沃那洛拉被羁押在那间名叫“艾伯格黑提罗”的牢房——广场监狱堡里的一间小房间——科斯·德·梅底西以前也在此被羁押过一段时间。

萨沃那洛拉很快便受到了严刑拷打。在格罗大厅，他受到当地官员的一番审讯、威胁和侮辱后，被上绞索。在此刑罚中，绞索的一端系在一个定上，该定固定在一旗杆的端。受刑者被反剪着手，绞索的另一端则捆住他的手腕；受刑时，行刑者先将他吊上旗杆，然后突然放落。反剪着的双臂因而成了半圆形状。肌因此被撕裂，四肢也因疼痛发颤。如此持施刑一段时间，受刑者不是昏厥就是死亡。

萨沃那洛拉从小便极其瘦削；由于长年如一日地持禁、守夜，几乎不间断地布以及严重的疾病，导致他质非常虚弱并且始终于度张状态，他的一生可以说一直于一痛苦不堪的状态，而仅仅是他那意志力的定才使生命得以延续。来自他生命中最后岁月所发生的一切变故——各危机给他带来的侮辱以及对自己遭到佛罗萨人民抛弃的悲哀——对他的打击相当大。在此情况下，他竟然又遭此酷刑的折磨。他被上绞索，从旗杆上突然往下放，如此这样折腾多次，很快便陷神情恍惚，回答也变得前后不一致、不连贯。最后，他似乎彻底绝望了，用足以熔化铁石心的声音大叫：“噢，上帝！夺去……噢，夺去……我的生命吧！”

最后，行刑者中止了这刑罚，他全鲜血淋漓地被带回了牢房。人们肯定无法想象那一晚他所受的痛苦。天破晓后，在中午时分，对他的所谓审讯又开始了。法官都是他的敌人。他受审，他回答，一个佛罗萨律师，西卡姆，听到执政团因为不能找到反对萨沃那洛拉的理由而懊悔不迭地说：“尽没有理由，但我们必须造一个来。”如果西卡姆肯对萨沃那洛拉的答辩略改动，炮制一份与事实不符的审讯备忘录，以便法官们为萨沃那洛拉定罪量刑，法官们便答应给他400“达克特”（金币名）的金钱。

在四旬斋期间暗无天日的岁月中，在复活节万人狂的日里，对萨沃那洛拉的折磨从未间断。审讯也持续了一个月。有一天，萨沃那洛拉被拉上绞索，然后被猛烈地摔到地上竟然达14次之多，但他决不屈服。诚然痛无所痛，但决心信念决不动摇。行刑者们把烧红的煤块放到他的脚底，但他的灵魂毫不退缩。他又被押回监狱，并在狱中度过了一个月。