第39集－－伊布四兄弟

小智等人在林中小径遇见一个备有与的盘，被人用绳绑在树上的神奇宝贝伊布。乍看之下像遭人抛弃的野狗，可伊布脖上却绑着石镇三段14号，太一刻着训练师名字与地址的金属牌。打开地图发现石镇就在前面不远。小智等人带着伊布照地址寻找，来到超级大豪宅。里面还传迎的鼓掌声，这里面真的有伊布的训练师吗？

第40集－－醒来吧！卡比兽!

旅行久了是会肚饿的。小智等人来到某个村觅。可是这个村的面包店跟青菜店全都没有粮，餐厅也是什么都没有。无计可施的小智等人因为饿得太厉害无法走动时，村长老现招待他们大吃一顿。小智等人在长老家中了解村是因为遭到旱而落此现况。为了报达这一饭之恩，小智等人决定到河川上游调查原因。

第41集－－神奇宝贝馆的决斗

小智等人来到黑暗市，被卷亚斯馆跟卡兹馆的纠纷。小智劝和不成，反遭攻击，幸好卡丘大展神威，制伏他们。这时候乔伊面....

第42集－－椰树军团大前

为了让大家看他表演术，健使险招，想利用椰树的眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番斗，害得椰树丛失控向城市奔去....。

第43集－－派拉斯跟派拉斯特

发烧的喵喵被清救起，因而对清一见钟情，想施恩于清制造机会留下来当店门的招财猫。可是清的神奇宝贝派拉斯却是个胆小鬼，战斗意志太弱，怎么也无法化成派拉斯特....

第44集－－胖丁唱歌吧

小智等人来到霓虹镇。镇上的人因为睡觉太少，连君莎在内都变得脾气火爆。受不了镇上的吵杂，来到森林的小霞遇到一只不能唱歌的胖丁，经过一番努力，胖丁终于唱歌了，可是听众全睡着……。

第45集－－复活？化石神奇宝贝

小智阻止火箭队炸坏大傻谷失败，与火箭队等人一起掉古代神奇宝贝沉睡的窟。一阵混之后，化石翼龙飞窟咬走小智，火恐龙为了救小智，化成火龙与化石翼龙决斗....

第46集－－吉利的病历簿

卡丘吃果实卡住无法呼，小智急着抱它求救。杜医生才刚治好卡丘，又有许多神奇宝贝因车祸受伤需要治疗。医院人手不足，在场的小智等人就被找来当助手了....。

第47集－－卡狗跟小次郎

小次郎的父母假死引离家走的小次郎面继承遗产。小次郎一直顽抗，而武藏与喵喵见钱开，迫小次郎顺应父母之意继承遗产。谁知小次郎长得与武藏一模一样的未婚妻鲁嘉是怪人....。

第48集－－大葱鸭的鸭

小霞跟火箭队的宝贝球都被带着大葱鸭的圭太给骗走。后来可达鸭自己逃，在可达鸭带领下，小智，小刚，小霞带着君莎去逮捕圭太。为了教训圭太，小智要求神奇宝贝比赛。大葱鸭人意料的打败妙蛙....。

第49集－－波克比是谁的呢

小智在大傻谷动中捡到一个，波克比。小智，小刚，小霞，还有喵喵举办淘汰赛，约定由获胜的人得到波克比。喵喵没有神奇宝贝，一人扮演两角，与小智小刚的神奇宝贝决斗....。