下行军路线问题。为了避免国民党军队的尾追堵截，尽快与东江农民暴动联络，会议决定选择走国民党兵力较为薄弱的由赣东经寻邬直取东江的行军路线。2日，前委对起义队作了整编，决定沿用国民革命军第二方面军名义，下辖三个军，贺龙代第二方面军总指挥兼第二十军军长，叶代前敌总指挥兼代第十一军军长，朱德为第九军副军长。起义军从8月3日起，分批撤离南昌南下。

周恩来于8月5日随革命委员会机关撤离南昌。他的一生，勤勤恳恳，发愤为公，当年就已经如此。29岁的周恩来率领着几万人的起义军，由南昌向南。有战士写，“每天，当行军休息下来的时候，因为过度疲劳，我们总是一倒地就呼呼睡。往往一觉醒来睁还看见周恩来同志在豆油灯下工作，或者踱着步，默默沉思。”“我们对待周恩来同志的命令是绝对服从的，从不敢懈怠。这是因为周恩来同志对下要求非常严格，而他对自己的要求尤其严格。”

12日，起义队到达宜黄，周恩来同赶到队来的陈毅谈话，任命他为第十一军第二十五师的主力团——第七十三团的指导员。

8月26日，起义军在瑞金以北的壬田，同布防在瑞金、会昌一线的国民党军钱大钧两个团遭遇，将其击渍，占瑞金。在这里，周恩来从报纸上得知各地国民党新军阀封闭工会、农会，捕杀员和工农群众的消息，到再继续沿用国民党的名义已经不合适。他主持召开前敌委员会议，决定要建立无产阶级领导的联合贫苦小资产阶级的工农政权，提乡村政权应完全归农民，并须以农民为中心，城市政权，工人须占绝对多数。

30日，周恩来和叶，刘伯承、聂荣臻等，指挥起义军击溃国民党军钱大钧九个团，占领会昌。在这里召开的前敌委员会议上，决定由福建长汀（汀州）、上杭广东东江地区。9月5日.周恩来率起义军到长汀。他主持前敌委员会议讨论攻取东江的计划。会上，周恩来和叶的主张是：国民党军在汕兵力空虚，无险可守，汕可以不战而得，因此如果以主力取汕然后再折回取兴宁、五华，攻惠州，就过于迂缓，会使国民党军有集中兵力，抢占有利地形攻击起义军的可能，应以主力由三河坝经松取梅县；再经兴宁、五华取惠州，而以小兵力，至多两个团趋汕。但是，会上多数人和共产国际军事顾问都主张以主力取汕，留一分兵力在三河坝监视梅县方面敌军，再经揭兴宁、五华取惠州，以便得到共产国际接济。后来，就多数意见作了决定。这个决定，是遭致后来失败的一个重要因素。

9月10日，周恩来和彭湃率一团起义军占领上杭。19日，占广东大埔县的三河坝。在三河坝，起义军实行分兵，由朱德率第十一军第二十五师和第九军一留守三河坝，周恩来、贺龙、叶、刘伯承等率主力军汕。23日州，24日驻汕。

在汕，起义军因为筹办军饷，延宕到26日才向揭集中，而这时，敌人重兵乘起义军汕之机，抢先占领了揭、汤坑一带有利阵地。起义军广东时共有兵力约10700人，这时二十五师约3000人留在三河坝，第二十军第三师约1000人留守汕，只有6000亲人的兵力攻敌人。面对三倍于已的放军，起义军虽然作战勇敢，终因连续苦战，疲惫不堪，未能获胜，而另一路敌军已绕后背，占州。9月30日晚，周恩来主持召开前敌委员会议，决定放弃汕，向普宁及海陆丰撤退。10月3日，他和贺龙、叶等到达普宁县的沙。周恩来在这里召开了急会议，宣布打苏维埃的旗帜，实行土地革命，决定武装人员去海陆丰帮助农民开展斗争，自己随队行动；其余领导人分别转往香港或上海。