被唤醒的面人雷迪亚兹计划在星布置一百万颗恒星级氢弹，一旦爆炸会引发太系的行星连锁坠反应导致太系毁灭，三也就失去可以移民的对象，在人类灭亡后三也会灭绝，以此要挟三。

该计划被他的破人识破，向世界揭，雷迪亚兹被控谋杀地球文明，他撒谎说自己内有炸弹控制，一旦死亡就会发炸弹炸毁纽约，从而得以允许其回国，归国后被愤怒的人民用石砸死。

而面人希恩斯则发明了表面上可以固化对三必胜信念的思想钢印，暗中却给所有接受思想钢印的人脑海里固化了人类必败的认识，希望促使人类逃亡，后被破人其妻山衫惠识破，冬眠醒来后，在国际大会上被惠揭穿，惠自杀，他被取消面人份。

罗辑苏醒后，因为一百多年来地球科技步给人类带来了乐观神，认为三必败，面计划也被认为是失败的，他被取消面人份。

此时亚洲舰队“自然选择”号执行舰长章北海虽不是思想钢印族，也认为人类必败，由于地球禁止逃亡（地球人类不可能都逃亡太系，不患贫患不均，所以联合国只好宣布逃亡主义非法），章北海便作“自然选择”号连带追击舰蓝空间号、取号、空号、终极规律号逃亡，想为人类留下文明的。

在逃亡中，因为补给不足问题，各舰船间互相产生了猜疑，都认为对方会先发制人发动攻击夺取能源与资。

“黑暗战役”爆发，章北海阵亡，最终“蓝空间”号幸存并逃亡。

而三在罗辑对太空广播恒星187j3x1坐标以后便意识到必须抢时间到地球封锁地球的广播能力，所以派先的武“滴”于此时先行到达太系，滴不费灰之力便消灭了几乎全的地球太空舰队，并呆在太附近扰电磁波，封锁了人类利用太放大的对外广播能力。

地球太空舰队中只有量号和青铜时代号逃离了战场，途中同样爆发了“黑暗战役”，最终“青铜时代”号幸存并逃亡。

人类终于观测到恒星187j3x1被“光粒”摧毁，罗辑的咒语生效了，于是罗辑被恢复面者份，由于太已经被封锁，罗辑也没有了抵抗三的有效方法，开始领导在三人看来没有作用只是安抚地球人情绪的“雪地工程”。

随后，罗辑被人们轻视并被逐居住，孤一人来到叶文洁和杨冬的墓碑旁，拿手枪对准自己的心脏，通过无不在的智与三对话。

原来罗辑利用雪地工程，在太轨上布置了三千六百一十四枚弹，如果罗辑死去，所有弹将被引爆，包裹弹的油质会形成围绕太的星际尘埃，在尘埃云团的遮挡下，太将在波段上发生闪烁。

所有弹的位置经过布置，使太闪烁形成的信号发送三张图形，组合成三世界的三维坐标图。

太变成银河系中的灯塔，把咒语发送去，当然太系和地球的位置也会同时暴，这是玉石俱焚的方法。

三人接受了罗辑的谈判条件，三舰队偏离太系，地球与三暂时和平。

三向地球传授科学知识，地球则利用自爆炸步的优势（三几乎是匀速发展）反过来帮助三拯救偏离航的三舰队，黑暗森林威慑建立，庄颜和孩被唤醒与罗辑团聚。