佐助离开

佐助为追求力量，决定到音忍村追随大蛇。小樱企图阻止他，但佐助的决意令她伤心万分。她提很多第七班的回忆，甚至向佐助表白，用尽方法来留住他。但最后，佐助把小樱击昏，对她说“谢谢你，小樱”，然后离开。佐助离开后，小樱哭求鸣人要把佐助带回来。鸣人也答应小樱，会尽其一生来实践诺言。

第二

小樱拜纲手为师，学得怪力和医疗忍术。纲手指她是静音以外，纲手所见过最有天分的医疗忍者。她的分析、判断与战斗力均大大提，连鸣人和卡卡西也惊叹她的成长。千代婆婆称小樱有纲手的影，卡卡西更指小樱未来会超越纲手。

我罗营救篇

我罗被“晓”抓去，第七班被派往增援砂忍。连千代婆婆等手也无法理的勘九郎的伤，小樱却很快作诊断，为他成功除毒，其医疗忍术可见一斑。

后来小樱与千代婆婆联手对抗“晓”的赤砂之蝎，千代指小樱的缺是缺乏实战经验。对战初期，由千代控制小樱与蝎对峙。蝎的傀儡的攻击围困住小樱，并放毒气，小樱以起爆符摆脱攻击和毒气。小樱也开始熟习战斗，接下来开始不受千代帮忙，自行攻击。她打破蝎的傀儡，蝎真。蝎以“第三代风影”傀儡迎战，小樱把第三代风影的砂铁时雨术一一以怪力飞踢开。但不幸她和千代也中了毒，小樱拿替勘九郎治疗时，多调的两份解毒剂。其中一份给千代，自己吃下同样却只能维持三分钟的解毒剂，独自攻击蝎。那是连蝎也需要对着药方才能调的解药，但樱却能即场调，她的能力令蝎吃惊。最后，千代与小樱合作，小樱以怪力击破蝎的傀儡。蝎虽然上更换，因千代把他的再生刺穿而死亡。（其实是蝎自己寻死，故意破绽的，也有人说是与千代婆婆的情使他不舍得下手）

小樱最后从蝎中得知，十天后草忍村的天地桥，晓安排在大蛇边的卧底会现。

天地桥篇

小樱回木叶向纲手报告关于蝎提供的情报，第七班重组并派往执行救宇智波佐助的任务。小樱与新队长大和、新队员佐井、鸣人一起发。在路上，佐井说佐助坏话，鸣人怒不可遏想打他，但被小樱阻止。小樱却一拳打往佐井，并说：“你不必原谅我。”，更指如果他再说佐助坏话，便不会手下留情。

其后来到天地桥，他们等人与大蛇和兜对峙。鸣人被大蛇刺激而激发九尾之力，小樱想唤醒鸣人但反被失去理的鸣人所伤。小樱一度担心鸣人而落泪，并为免鸣人难过而隐瞒被鸣人所伤的事实。到大蛇基地后，佐井被认定三番四次背叛他们。小樱在找到佐井后，上冲上前大骂，但佐助的呼唤令她停下来。相隔三年，佐助称斩断所有情，除了怨恨，并与鸣人等发生战斗。小樱对佐助的成长大为惊讶，不顾一切冲前攻击佐助以带他回木叶。但攻击未至，大和先行替她挡住。小樱是第七班中惟一没有跟佐助手的人。最后，佐助跟大蛇离开。小樱安鸣人：“你在这里哭，也不会把佐助哭回来。但接下来，我也会跟你一起变！”可见第二中的小樱已经变得。

宇智波鼬追捕篇