第二个馆徽章，小智等人来到馆门。然而，馆训练家藤树却拒绝小智的挑战，跑去冲浪。斗志昂的小智气不过去，一直纠缠着藤树，最後终於如愿以偿。小智认定藤树是只晓得玩冲浪的吊儿啷当的人，所以对这场比赛充满了自信。可是面对小智来势汹汹的攻击，藤树的神奇宝贝却运用冲浪中练来的手，很轻松的就化解小智的攻击。小智急得失去判断情况的能力，依然采用攻的方式，结果…

ag#296「刺尾虫对抗刺尾虫，到底是哪只呀」

在武斗馆之战里面，小智被馆训练家藤树打倒，受到自己实力的不足，决定在武斗岛暂时修行一段时间。然而在那个时候，现了企图夺走小智等人的神奇宝贝的火箭队！小智等人好不容易将火箭队赶跑，但是回过神来却注意到，小遥的刺尾虫跟火箭队的刺尾虫被掉包了！刺尾虫是小遥第一次收服，细心照料的神奇宝贝，想到自己的刺尾虫被迫与卑鄙的火箭队待在一块儿，小遥就非常的不安。忍住盈眶的泪，小遥拼命奔走寻找火箭队…。

ag#297「大吾可可多拉跟波士可多拉」

为了再度挑战武斗馆的修行特训，小智等人寻找传闻中的手训练家大吾，来到了石之窟。窟後误中埋伏其中的火箭队的地。但是那时候，地四周的地面却整个凹陷了。一行人包火箭队，通通掉窟的。醒来後，小胜的边只有卡丘与喵喵。大家好像都掉不同的场所的样。在小胜努力的想脱而的时候，小智、小刚、小次郎一伙，以及小遥、武藏两人，也正开始在寻找。在这铁铠神奇宝贝可可多拉居住的危险窟里，三组争吵不停的人能够平安无事会合，逃离去吗？另外，小智能如愿以偿见到大吾吗？

ag#298「海边的捣鬼龙虾小兵登场」

小智一行人在武斗岛的海边搭帐蓬，继续神奇宝贝修行。就在这之中，突然，在砂中奔走的神秘生跑来攻击小智等人。小智等人想加以补捉，可是那个生力大无穷，本无从压制。那个生将帐蓬搞得一团之後，又不知消失到哪里。小智等人在错愕之馀，也激发了好奇心。於是一伙人耐着等待揭发那肯定会再度现的神秘生的真面目。然後那个夜里，神秘的生果然是现了!!

ag#299「奔跑吧！小智！越过利牙鱼之河！」

个豪放过的鲁的「氓神奇宝贝」龙虾小兵加成为新的同伴之後，

小智等人依然继续在武斗岛修行。然而与不速之客火箭队的对战中，龙虾小兵突然发起烧。想将它收神奇宝贝球时，才记起神奇宝贝球仍放在营地的帐蓬内。於是小智背起龙虾小兵，想直接到神奇宝贝中心接受治疗。但是，前往神奇宝贝中心的路上没有桥，必须直接渡河过去。而且，这条河中还有许多凶猛神奇宝贝的利牙鱼栖息…。

ag#300「秘密之池好多跃鱼」 [page]

为了打倒武斗馆的馆训练家藤树，小智等人还在继续修行。为了锻链自己，寻找罕见的神奇宝贝，他们沿着没有名字的河川溯而上。一行人在小沼泽遇到了沼鱼神奇宝贝跃鱼，并认识了沼泽的主人，沼爷爷。原来这地方是初学者用的跃鱼的孵化与培育地。以成为饲育家的小刚自然对这地方兴趣。然而，想将跃鱼一网打尽的火箭队现了！由於控制量的装置被破坏，跃鱼们看着就要被沼泽的大量的给冲走了！

到底，小智等人要怎样面对这个危机呢？他们能不能成功保护这些跃鱼呢？

ag#301「狡猾天狗族的袭击」