小智接受小英的挑战，拿火龙对抗蚊香蝌蚪。火龙轻视小智等级太低，依然不肯听从命令。果不其然，这场战斗输得很难看，

柚岛的馆训练家阿义对小霞一见钟情。在与小智的馆挑战赛中，宣称要将胜利的成果献给小霞。但是杰尼人意料的使炮绝招，粉碎了阿义的梦想…

小智等人来到洋贝拉市，认识了椰米莉与赖而夫。这两人火不容，可是所养的神奇宝贝，尼多朗与尼多兰却相。小霞持要撮合这两个相的神奇宝贝，可是她使用的办法却惹来反效果…

小智等人来到小橘岛，适逢四天王之一的科拿小到岛上演讲。面对小霞极度崇拜的科拿，小智自负的认定也许自己能够打败科拿。于是科拿给不知天地厚的小智上了一课…

神奇宝贝#99：南方之岛，全员大集合

神奇宝贝#101：尼多朗的恋故事

神奇宝贝#97：喵喵之岛？

爬上山。路上遇到的朋友小丹，自愿与小智一起爬山。这个馆训练家隐瞒份确认小智的能力以后，才提和小智比赛的要求。这时火箭队来捣，又照惯例的帮了小智倒忙。

小智等人今天依然在橘群岛旅行。跟踪他们的火箭队也是。火箭队一如往常老是被小智等人击败，可是这次喵喵飞走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵着陆的地方是神秘猫之岛，那里的岛民传说在白满月的夜晚″喵喵神″会现，而崇拜喵喵神像。岛民们把偶然掉到岛上的火箭队的喵喵当成传说中的喵喵神，开始祭拜…

神奇宝贝＃105：卡丘对抗喵喵

小智一行人来到扣克岛，救了一只受重伤的飞天螳螂。原来他是憾卫目之位失败被赶来的老战士。火箭队来到岛上使用卑劣手段捕螳螂，老战士愤不顾想回去救同伴，动小智等人…

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神奇宝贝#98：飞天螳螂，战士的尊严

神奇宝贝#104：柚馆类型格斗三比三

神奇宝贝＃106：火龙，就决定是你了!

小智等人在大平原遇见了放牧小磁怪的佛得先生，并与其同行。刚好这时传来附近的城市停电的消息。急着前往供电的佛得先生遭到火箭队的阻扰，受伤无法前往。小智遂自告奋勇要带领小磁怪到城里…

在橘群岛旅行的小智一行人为了暂时休息，来到了斯达奇岛。在那里的海边神奇宝贝中心和大木博士连络后，知正好在斯达奇岛近海发现的沉没船上有类似三百年前橘连盟冠军奖杯的宝。而那个奖杯就放在小智等人现在所在的斯达奇博馆内。于是小智等人计画隔天一早就去观看，谁知火箭队已经听到这个消息…

小智等人掉火箭队的陷阱，在地下中遇到了神秘生。小智急着想救妙蛙回来，可是因为蛮横的市长选举将近，竟然用泥把地下封起来。在在地下内寻找妙蛙的小智等人与火箭队，他们会怎么样呢

火箭队设计把卡丘抢过来。为了不让卡丘逃走，把卡丘跟喵喵绑在一起。可是谁也没想到，抓到卡丘以后，喵喵和卡丘却受到大比比鸟攻击，被叼走了。就这样，拯救卡丘和喵喵的两班人开始行动…

神奇宝贝#96：幽灵船跟幽灵神奇宝贝

神奇宝贝#100:四天王科拿，冰之战斗

小智一行人来到无人岛，决定在那里休息一天。刚好火箭队也来到岛上渡假。这次火箭队利用大的睡眠粉，想把一行人迷昏后偷走神奇宝贝。谁知飞天螳螂跟火龙都没有睡着，还把大伙都吵醒… [page]

神奇宝贝#103：地下的怪

为了场橘联盟大赛，小智等人获得了第二个徽章。接下来要去的是第七个岛上结很多文旦的果实七岛。小智等人抱着轻松心情到岛上，却因为意外的事件被岛上居民奈奈当成了小偷。解开误会后，小智等人得知奈奈正在烦恼文旦小偷的问题。到底这个文旦小偷是谁？

神奇宝贝#102：大平原的小磁怪

神奇宝贝#95：大胃王比卡兽！大恐慌！