也到了那个平台上，两人一同飞奔上楼梯。此时塔的一些分已经开始消逝了。丽斯和托尼欧在努力让气球安全着陆，而迪亚鲁加一记偏了的时间咆哮又冲着他们袭来。噩梦神再次上前挡住了攻击，随后向院的方向迅速坠了下去。

丽斯向一座通往时空之塔的桥上落去，阿尔贝鲁特男爵和他的长赶追上去。然而丽斯却不小心落在桥的护栏上，失去了平衡。她就要掉下去的时候长用抓住了她，却因为太而又被丽斯落了。急关，托尼欧抓住了丽斯。他们抓着托尼欧的幽浮气球安全着陆。丽斯谢托尼欧又救了自己一次。当他们都还是孩的时候，丽斯曾经失足落下悬崖，她一直以为是当时站在崖底的托尼欧救了她，而托尼欧却说他看到那是噩梦神救了丽斯。提到噩梦神，丽斯忧从心来，赶向它坠落的园里跑去。

小智和小光和他们的小灵们仍在努力向塔跑去，但塔崩毁的速度明显快于他们的脚步。前面的楼梯断掉了，小光灵机一动让叉尾鼬和卷耳兔用枪合冷冻光线制造了一个冰梯跨过了沟壑。就在他们即将到达塔的时候，小智踉跄了一下，险些掉楼梯井里。小光虽抓住了他却难以负担两个人的重量，他们一起掉在了另一段楼梯上，从那里重新爬到了塔。

噩梦神落在了院的池里，小刚和沼王把它抬到了岸上。丽斯赶来，担心噩梦神在刚才的攻击中受了太重的伤害。她转过，大声叫迪亚鲁加和帕鲁其亚赶快停手。此刻，噩梦神回想起丽西亚在它受伤时照顾它的情形，仿佛在丽斯的上看到了丽西亚的影。它忽然清醒过来，向迪亚鲁加和帕鲁其亚蓄积力量发动各自的标志攻击的地方冲去。托尼欧发现在这情况下，如果它们继续使用如此大的招数，小镇距离彻底的毁灭仅剩一步之遥。而就在双方发动攻击的刹那，噩梦神冲到了中央，用黑收并放大了双方攻击的能量，反将迪亚鲁加和帕鲁其亚困在了其中。

努力攀登时空之塔的两人中，小光首先看到了噩梦神的壮举。看到噩梦神暂时控制住了战中的灵，小智觉得他们必须好好利用这难得的良机。他们终于到达了塔，然而此时噩梦神已经无力再控制迪亚鲁加和帕鲁其亚，它的黑渐渐收缩，两只怪得以从中脱。迪亚鲁加和帕鲁其亚同时攻向了噩梦神，攻击在半空中引起了剧烈的爆炸。噩梦神被攻击击飞了去，它的影渐渐模糊，最后彻底地消逝在了苍茫的空气中。一切看起来都是如此绝望，灾难，悬在一即发的时刻。

小智和小光用最快的速度将一块石板从机中搬下来，却发现他们带来的石板太大，本放不去。他们没有办法也没有时间把石板成合适的大小。幸好小光很快注意到在孔的中间有一个和石板上的标志相同的符号，小智将它下去，发现这样孔就与石板的大小合适了。两人打开机的开关，却又发现塔上已经没有足够机运转的电力了。小智和小光求援于卡丘和电松鼠，两个小家伙竭尽全力放电让机运转起来。电力生效了，乐钟机开始播放起丽斯过的那段旋律，让时空之神停在了它们发动最后一击之前。小镇停止了一步的消，时空之塔开始发夺目的光芒。所有人一起看着两只大的灵从愤怒转向平静，帕鲁其亚受到的伤也渐渐得以恢复。迪亚鲁加带步另一个不为人知的时空，而帕鲁其亚则先将镇复还到原状，然后落向塔膨胀开来的平台上。小智和小光跑去看它，小智大叫帕鲁其亚把这么多人卷它们的战斗里简直太过分了，小光则请帕鲁其亚把小镇带回他们原来所在的时空去，让一切回到原来的样。帕鲁其亚照办了，阿拉莫斯镇很快被带回到原先的山岛上。帕鲁其亚随后也向自己所属的维度方向离开了。

尽看上去一切都回归于平静，小智一行人以及托尼欧和丽斯都难免为噩梦神为镇所作的牺牲而伤。然而就在他们回镇的路上，卡丘忽然看到山崖上掠过一片诡异的黑影。小智转过去，发现那不是幻觉，真的是噩梦神的影。黑影来到双塔上，大家纷纷扬起来，看到噩梦神屹立在时空之塔上，仿佛正俯瞰着整个阿拉莫斯镇。