踪报。阿尔贝鲁特同意了，他开动火车，得意地扬言自己一定会抓到噩梦神。

丽斯准备带小智一行去参观时空之塔。在他们即将发的时候，小光却在大厅里停住了。他们看到了一幅描绘一位坐在枝奏丽斯的以及聚集在她边的各灵的画。丽斯告诉大家那位少女是她的祖先，她的家族对这座塔作过贡献。接下来丽斯带他们参观了华丽大赛的会场，其中有大的显示屏，华丽大赛场地和广大的观众席。最后，一行人来到了托尼欧的实验室，研究员就是在这里研究近来怪异的现象的。

一行人走房间，发现托尼欧倒在地上。丽斯张地跑上前去，托尼欧却自行醒来了。原来是他昨天工作到太晚，在屋里昏了过去。托尼欧开始向丽斯讲述他昨晚的发现。与此同时，卷耳兔和圆企鹅在研究室里展开了小小的冒险。圆企鹅发现一块石板样的东西裹着蒙布放在架上，于是好奇地拉开蒙布。然而它一不小心失去了平衡，连石板带蒙布一起掉了下来。卡丘见状赶跑来救场，不过小智却在它之前把石板接住了。小智将石板摆回原，转而问灵们在吗，那石板是怎么一回事。托尼欧拿过石板，解释说这是时空之塔庞大乐钟系统的象征，在墙上还有很多很多这样的东西。言毕，托尼欧询问众人有没有兴趣看一看时空之塔的运转。

于是大家一同前往时空之塔。小智和小光拼命向前跑，都想第一个到达塔。然而还没跑多久，小光就累得上气不接下气了，只剩下小智一个人孤军奋战着。这塔的度远远超过了想像，爬到一半的时候小智发现丽斯、托尼欧、小光和小刚都乘着丽斯的气球往上升呢。看看面前的漫漫长路，小智也想搭气球走了，不过那气球超过他径直向塔飞去了。很快，大家来到塔一座大的机前，小智也带着疲力尽的卡丘跌跌撞撞地跟上了队伍。一些波波和小拉达在那附近安静地栖居着。

托尼欧解释说着座机可以将乐音传遍全镇，而那些石板中则储存着特定的音符。石板被安放在一个由4个石板和转盘组成的大浅盘上。研究员取其中一块石板，让小光把他们从研究室带来的那块换上去，然后发动了机。机端的两个电极开始冒电火，齿的旋转带动锤击打琴弦，音乐声悠然响起。

随后，大家乘气球降落下来。走时空之塔的时候，他们又遇到了胜海、达伊、真纪一行人。小智、小光和小刚决定换对手再赛一，然不等他们的比赛开始，一大的能量风便在岛上横行起来。另一个时空里，渐渐力不从心的帕鲁其亚努力躲避着迪亚鲁加的攻击，大的爆炸在时空之塔边发生，然后能量很快又消散了。

噩梦神在这时又一次现，好像是从那能量中觉到了什么一样。阿尔贝鲁特男爵和他的长也不知从什么地方冒了来，后面还跟着追踪报捕捉活动的火箭队3人组。长又一次使了破坏光线，噩梦神则用一连串的黑作为回击。那些黑没有打中长，却殃及了其他训练家的灵们，包括小光的叉尾鼬和小刚的胡说束。然后噩梦神遁黑影之中，想向后面的一条街逃走。

阿尔贝鲁特男爵和小智都追了上去。男爵追上了噩梦神，然对方并无心恋战，只是用一记黑将长送噩梦状态便再次消失了。阿尔贝鲁特连忙上前察看长的伤势，更加诡异的事情却在这时发生了――男爵变成了一只长！起初他看到火箭队3人组惊恐万状的样还不知是怎么回事。火箭队七嘴八地解释了半天状况，直到武藏拿镜来阿尔贝鲁特才反应过来到底发生了什么。