最初，中国主张“二辰案”由中日双方照海关章程行审理，但日方断然拒绝。其后，清廷外务又通知日本公使，拟请英国舰队司令对此案行“公断”，也遭到日方的拒绝。

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九洲洋是指今距珠海市香洲东南十六公里，九洲列岛周围的海面，北起野狸岛。南至大澳岛大担角，东临青洲，西至大陆沿岸，以九洲群岛命名，该洋南北长十六公里，东西宽十四公里。据史料载。明清时期这一带海域常有海盗没，且常有外国商船走私鸦片、军火，在海面窜犯，是清朝师重梭巡防患之域。

面对日本和国的外压力，清廷一再让步。

一九零七年十一月，清廷侦知澳门广和居商人谭理等委托日本商船“二辰”将神辰商行的步枪2000枝、弹4万私运往澳门，便通知广东官府，广东师遂派四艘兵船在澳门附近巡逻。

而就在陈文一边忙于工厂搬迁、产业调整，一边与张之d讨价还价，忙得脚打后脑勺时，广东了大事。他又不得不加以关注，并好随时启程回粤的准备。

二十一日，清外务照会日本公使，对“二辰”上日本国旗被中国士兵扯下一事表示歉意，并答应“将办事失当之员弁加以惩戒”。但是，日方仍不肯罢休。二十三日，日本公使林权助又向外务提解决该案的五项要求：一、立即放回二辰；二、在放还二辰时，中国兵舰鸣炮示歉；三、扣留的军火由中国购买，货价为两万四千日元；四、置对扣留二辰负有责任的官员；五、赔偿此事件所造成的损失。林权助声称，只有全答应这5项要求，二辰案才能和平了结。

十四日上午，“二辰”驶近澳门，停泊在路环岛东面约二里的大沙沥海面（及洲洋），准备在此卸货。广东师予以截获后，广东巡弁李炎山等上船查验属实，船主亦无可置辩，由于罪证确凿，日船主承认违法罪行，服从惩。于是弁员将船货暂时扣留，一齐带回黄埔，以凭照章充公；并且撤去船所挂的日本国旗。

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终于，清廷于二十六日表示全接受日方提的无理条款。(未完待续。)

公使柏德罗也于十七日照会清廷外，指该船被拿，有违国所领沿海权，并有碍国主权。

本来事情至此，应该算是结束了。但日本政府却和牙民者及英人赫德行预，串通一气，抵赖、反扑。

十六日，日本驻华公使林权助向清外务发抗议照会，说“二辰”拥有运载军火澳门的准单（因此不是走私船）；该船并未在中国领海卸货（该地属澳领海）。反诬清政府越境截捕商船，“显示违约，举动野蛮”，要求清政府“速放该船，还国旗，严罚所有非法之官员，并陈谢此案办理不善之意，以儆效尤”。