鲍超哪受得了这个忧愤成疾，执意告退所三十二营以遣散了之。霆军重要将领唐仁廉挑其壮，由李鸿章“酌立营制，重整规模”，立仁字营，成为淮军的一支，从而削弱了湘军增了淮军的实力。

1867年1月捻军先在安陆府罗家集击败松字营，重伤统领郭松林。半个月后又在德安府杨家河歼灭树字营，阵斩淮军悍将罗定树。月双方主力在安陆府尹隆河行决战。清军主力一是淮军主力人，一是鲍超所霆字湘军。

战淮军将领为了抢夺功，违约于卯时单独发起攻。捻军先用动战术与之周旋，继而在尹隆河设伏败之。淮军将领“衣冠失落”，与各营官幕僚被困待死。鲍超预定时间从捻军背后发动突然袭击，捻军转胜为败折损两万余人。

东捻军集给在湖北钟祥臼一带，拥众10余万。李鸿章认定这是聚歼捻军的好机会，于是调动湘淮军7万余人“分路并”，其中包括湖北巡抚曾国荃的新湘军。

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三月东捻军又在蕲歼灭湘军彭毓橘所，阵斩彭毓橘，至此曾国荃新湘军主力全覆没。这一阶段李鸿章实行的主要是陆路蹙围，但并未能有效地扼制住捻军的动。

同时，他也成功的将合作战之湘军瓦解，淮军一家独大引来不少湘军大佬不满和红，为以后的湘淮之争埋下伏笔。

鲍超救了贸然战之淮军将领，但被救淮军将领却以怨报德，反诬鲍超误期致败。李鸿章一味迴护己军不顾事实，贸然战之淮军将领径上奏，鲍超被严旨斥责虚冒战功，应负淮军致败之咎。

捻军在突破曾国藩的贾鲁河沙河防线后，迅速湖北，企图“长驱西上，一四川，居已蜀之利，一上紫荆关，合张宗禹攻陕西”。

但是，东捻军却于八月在胶莱防线北端海神庙一带鲁军防地冲破防线，渡过潍河使得李鸿章苦心经营的胶莱防线告溃。

在胶莱河防线上，他安置了沈宏富董凤几军四十六个营和鲁军三十一个营分段防守，每营防地三里多长。另外还设有机动的后援队，全兵力近五万人。运河防线则由淮军刘秉璋杨鼎勋李昭庆等和豫军张曜皖军黄秉钧程文炳负责。

鉴于捻军胶莱一带，他不但署倒守运河，而且又在胶莱河两岸增设了内层防线，缩兜剿圈企图把捻军聚歼于胶莱海隅，万一捻军突破胶莱防线，还有运河防线以资保障。

其实，在吴可这等打老了仗的优秀统帅看来，东捻军运东正是一大战略失策，给了李鸿章利用河防蹙之于绝地以良机。

山东巡抚丁宝桢疏于运防，奉旨严加议。一时言路汹汹。曾国藩认定“大局日坏”，担心言路不仅纠弹丁宝桢，也可能波及李鸿章，致书劝其忍辱负重徐徐图之，叮嘱其“若遇棘手之际，请从耐烦二字痛下功夫”。

所幸李鸿章的境要比老实曾国藩好得太多，至少不用担心朝廷忌惮过甚，只需应付少少一些不满声音即可……

李鸿章所淮军将领一致提“倒守运河”（即由原来自东岸设防移至西岸设防）之策，李鸿章经过慎重研究决定采纳。

东捻军乘湘淮军齐集湖北之际，依靠大的机动能力包围圈河南，因鉴于陕西就困难四川路途遥远，遂放弃原定西川陕的计划改向山东，于六月在鲁军防守的庙附近突破运河防线，直趋胶东半岛。

而湘系大员因鲍超并非曾国藩嫡系，不但不为其开脱，反而迎合李鸿章落井下石。曾国荃奏称接战捻军为南北两队，北南弱，而贸然战之淮军敌北，霆军敌南故战绩不同。

而为了保障运胶防线，李鸿章还奏准三通商大臣崇厚直隶总督刘长佑率军防守黄河，由漕运总督张之万率军防守苏北六塘河。这样东西南北四面就各以河为险构成了一个包围圈。

本来，鲍与淮军约定月19日（正月十五）辰刻两军发起会攻。但两军向存嫌隙，鲍轻淮军乃后起之辈，淮军将领贱鲍无谋匹夫。

第二阶段从1867年6月至1868年1月署实施运河胶莱河之防，主战场在鲁东地区。

如此一来，李鸿章心经营的运河防线，在机动实力悍的捻匪跟前再次栽了大跟，李某人为此也遭致不少闲言碎语，有那不对付的朝堂直言曾国藩都不过捻匪，作为学生的李鸿章又有何德何能成绩？