昆明外围东、南、北三个战场的激烈争夺，回民叛军和清军各有胜负，总的形势是双方于相持状态。

岑毓英、如龙乘叛军内之机，指挥清军向城南、城西、城北的叛军发动全面攻。起义军营垒多被攻破，仅存城南江右馆、城北村、城西土堆三，但兵力已不足万人。

清军攻占小偏桥、长坡等地之后，即向杨林攻。叛军因大量伤亡，于6月11日撤杨林。接着岑毓宝由杨林、杨玉科由昆明合攻嵩明。在清军威之下，守将叛军大司寇李芳园、大司平兴堂挟持杜文秀派到前线监军的女儿蔡杜氏（蔡廷栋之妻）于6月13日不战而降。

之后岑毓英和如龙坐镇省城，积极准备向围城叛军行全面反攻。他们除雇请外国人训练清军使用从国外买的新式大炮外，并调集大量清军回昆明，其中有岑毓英将岑毓宝和岑毓琦所率滇军、刘岳昭将李家福所率湘军及天顺等降军。

岑毓英利用叛军这个明显弱，集中兵力向小偏桥一带猛攻。清军采取分割战术，将叛军隔为数段，然后各个击破。经过近两个月的反复争夺，至6月初，小偏桥、十里铺、长坡等要地均被清军攻占，叛军伤亡万余人不得不狼狈撤。

叛军屯兵昆明城下一年有余，由于战线过长，后勤供应难于保证，粮弹药时有短缺，加之传染病行和频繁战斗，队大量减员，特别是久攻昆明不克，战斗意志大受影响，士气逐渐消沉起来。

在吴可的策划鼓动下，朝中有相当一分大臣对法国人手安南事务十分不满。他们不好找法国人的茬，对藩属国安南就没那么客气了，揪住安南驻理藩院特使严厉斥问他们为何引狼室邀请法国人参与内务。

叛军大司疆段成功粮尽，求借于扬威大都督蔡廷栋和大司令清，蔡、二人都不借给。9月18日段成功遂向清军投降，将城南西岳庙一带二十余营垒全献给清军。

安南国使者也不是啥好鸟，尽不愿意跟大清朝翻脸但一自圆其说的外辞令还是说得来的，结果朝廷便陷了旷日持久的战中不可自。

战斗打到这份上，凡是有脑的都看叛军已是弩之末，这时坐镇贵的云贵总督劳崇光坐不住了，急率手下督标卫队赶赴昆明前线，那让人不耻的摘桃之举……

云南布政使岑毓英驻昆明后，即派总兵李维述、参将张保和等合杨玉科向北线攻，从1869年1月中旬到3月上旬，先后占领了富民、禄劝、武定、罗次等地。

在此期间，巡抚刘岳昭将李家福、刘岳曙亦率湘军向寻甸攻，相继占领了七星桥、文笔山、望城坡等要隘，州城。留守寻甸的叛军大司理天顺等动摇妥协，在清军剿抚兼施之下，竟于6月20日率军投降，寻甸、果等地遂为清军占领。至此清军完全控制了昆明以东地区。

当然除了两广自好准备之外，朝廷的支持也必不可少。

1869年7月，清军首先攻城南叛军阵地。至8月初李家地、老鸦营、大营寺等地均为清军占领。老鸦营距南门外三捷桥清军营垒仅一里左右，是通往叛军大营江右馆的必经之路。老鸦营失守，城西叛军和江右馆的联系便被切断。

岑毓英一面派副将张保和率攻昆、副将范清率攻安宁、总兵李维述率攻广通、总兵杨玉科率攻元谋、副将何秀林率攻易门；一面施行离间计，使叛军将领不能团结对外，反而互相疑忌。

秘的，并没有大张旗鼓搅动市场秩序。

...

同一时期，杨荣、姚得胜率所叛军在东线作战。当杨玉科率攻武定等地时，杨荣、姚得胜为牵制清军，由滇东向昆明军。3月叛军一举攻占省城东北重镇杨林，清军守将何秀林率退守宜良。

既然朝廷一时半会指望不上，吴可便把主意打到邻居云贵总督劳崇光上。

叛军乘胜由长坡向大板侨一带攻，占据昆明城东小偏桥、十里铺、羊房凹、街、兴福寺等地，使省城清军大为震惊。4月由周率领的一支回民叛军也乘澂江空虚袭占了该城。

岑毓英慌忙调集杨玉科、张保和、吴永安、徐联魁、李廷标诸救援省城。叛军由于缺乏统一的领导和指挥，各之间不能协调一致地行动，因而没能趁此有利时机狠狠打击各。

……

随着时间推移，云南战局慢慢朝对清军有利的方向发展。

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